El error fue que instalaste primero Ubuntu, windows no respeta otros sistemas operativos y termina sacandolo de las opciones de arranque... Prueba a recuperar el grub de ubuntu a ver si te soluciona el problema...
Mira yo también ando en ese tema de instalar ubuntu junto con windows en dos particiones diferentes, te recomiendo este enlace donde explican detalladamente cómo debes instalar ubuntu y también donde descargarlo.http://www.desarrolloweb.com/articulos/sistema-linux-funcionando-media-hora.htmlTambién en canonical te dan unas instrucciones para instalarlo junto windows:http://www.ubuntu.com/Primero leete las instrucciones que estan en desarrolloweb y luego las ubuntu.com. Suerte
Puedes recuperar el grub con el cd de super grub disk te repara el gestor de arranque.