No se si este ejecutando bien tu clase shell pero me sale error al ejecutar el comando dir que en otra forma de llamar la shell q encontre me funciona. no se si sea el procedimiento correcto para lo que se pretende aqui dejo el codigo del que me funciona
public static String executeCommand(String command, boolean flagbackground) {
        System.out.println("Comando a usar: "+command);
        String commandShell = null;
        String osName = System.getenv("OS");
        String x = "";
        if (osName.equals("Windows_NT")) {
            commandShell = "cmd.exe /C " + command;
        } else if ((osName.equals("Windows 95")) || (osName.equals("Windows 98"))) {
            commandShell = "start " + command;
        } else if (flagbackground) {
            commandShell = "" + command + " &";
        } else {
            commandShell = "" + command;
        }
        try {
            Process proc = Runtime.getRuntime().exec(commandShell);
            BufferedReader brStdOut = new BufferedReader(new InputStreamReader(proc.getInputStream()));
            BufferedReader brStdErr = new BufferedReader(new InputStreamReader(proc.getErrorStream()));
            String str = "", stre = "";
            while (((str = brStdOut.readLine()) != null) || (stre = brStdErr.readLine()) != null) {
                if (str != null) {
                    x = x + str + "\n";
                    continue;
                }
                if (stre != null) {
                    x = x + brStdErr.readLine() + "\n";
                }
            }
            brStdOut.close();
            brStdErr.close();
        } catch (IOException eproc) {
            System.out.println("Error to execute the command : " + eproc);
            //Men.error(eproc + "", "Error En La Ejecucion");
            return x;
        }
        return x;
    }