Hola:

Quiero pasar este código de C# a Java con NetBeans.



Instalar Java actualizado:
https://www.java.com/es/download/

Compilador NetBeans (En español), Java SE:
https://netbeans.org/downloads/index.html

Tutorial sobre instalación del NetBeans y las librerías RxTx para controlar el puerto serie de Arduino:
https://es.slideshare.net/Metaconta2/interfaz-java-y-arduino

Librería oficial RxTx solo para 32 bits:
Download - Rxtx

Librería alternativa RxTx de 32 y de 64 bits. Usaremos 64 bits. (Recomendado):
RXTX for jLog

El código de C# es este aquí abajo.
using System;
using System.Text;
using System.IO.Ports;
using System.IO;
using System.Diagnostics;
using System.Threading;

namespace Recibir_archivo_desde_Arduino_consola_06
{
    class Program
    {
        static int cantidadBytes;
        static StringBuilder sb = new StringBuilder();

        static void Main(string[] args)
        {
            string COM = "";
            // Título de la ventana.
            Console.Title = "Recoger foto desde Arduino y crearlo en el disco duro";

            // Tamaño ventana consola.
            Console.WindowWidth = 55; // X. Ancho.
            Console.WindowHeight = 18; // Y. Alto.
           

            // Crear un nuevo objeto SerialPort con la configuración predeterminada.
            SerialPort Puerto_serie = new SerialPort();

            // Configuración.
            Console.Write(@"
Introduzca un número para seleccionar puerto COM.
Por ejemplo el 4, sería COM4.

Puerto: ");
            COM = Console.ReadLine(); // Escribir el número del puerto.
            Console.Clear();

            Puerto_serie.PortName = "COM" + COM; // Número del puerto serie.


            Puerto_serie.BaudRate = 115200; // Baudios. 115200.
            Puerto_serie.Parity = Parity.None; // Paridad.
            Puerto_serie.DataBits = 8; // Bits de datos.
            Puerto_serie.StopBits = StopBits.One; // Bits de parada.
            Puerto_serie.Handshake = Handshake.None; // Control de flujo.

            // Establecer la lectura / escritura de los tiempos de espera.
            Puerto_serie.ReadTimeout = -1; // 500.
            Puerto_serie.WriteTimeout = -1; // 500.

            try
            {
                Puerto_serie.Open(); // Abrir el puerto serie.
            }

            catch (IOException)
            {
                Console.ForegroundColor = ConsoleColor.Red; // Texto en rojo.
                Console.CursorVisible = false;
                Console.SetCursorPosition(16, 6);
                Console.WriteLine(@"El puerto " + Puerto_serie.PortName + @" no existe
                o no lo encuentra.");
                Console.ReadKey(); // Pulse cualquier tecla para salir.
            }

            catch (UnauthorizedAccessException e)
            {
                Console.WriteLine(e);
            }
            Puerto_serie.DataReceived += new SerialDataReceivedEventHandler(DataReceivedHandler);

            Console.WriteLine("Esperando datos desde Arduino... \n");
            Console.ReadKey();
            Puerto_serie.Close(); // Cerrar puerto.
        }

        private static void DataReceivedHandler(object sender, SerialDataReceivedEventArgs e)
        {
            try
            {
                SerialPort sp = (SerialPort)sender;
                string indata = sp.ReadExisting();
                // string[] data = indata.Split('A');
                string[] data = indata.Split(new char[] { 'A' });
                cantidadBytes = int.Parse(data[0]);


                switch (data[1].ToString())
                {
                    case "1":
                        Console.WriteLine("Tamaño: " + cantidadBytes + " Bytes.");
                        Console.WriteLine("Foto: " + data[1] + ". Tipo de archivo: JPG");
                        break;

                    case "2":
                        Console.WriteLine("Tamaño: " + cantidadBytes + " Bytes.");
                        Console.WriteLine("Foto: " + data[1] + ". Tipo de archivo: PNG.");
                        break;

                    default:
                        Console.WriteLine("Cosas raras en 'data': " + data.ToString()); // Por si hal algún error.
                        break;
                }

                int contador = 0;
                byte[] datosArray = new byte[cantidadBytes];

                switch (indata)
                {
                    case "17729A1":
                        Thread.Sleep(100); // Retardo.
                        byte[] miBuffer = Encoding.ASCII.GetBytes("OK1"); // Codificación ASCII.
                        sp.Write(miBuffer, 0, miBuffer.Length); // Envía OK1 al puerto serie.
                        break;

                    case "2065A2":
                        Thread.Sleep(100); // Retardo.
                        byte[] miBuffer2 = Encoding.ASCII.GetBytes("OK2"); // Codificación ASCII.
                        sp.Write(miBuffer2, 0, miBuffer2.Length); // Envía OK2 al puerto serie.
                        break;

                    default:
                        Console.WriteLine("Cosas raras en 'indata': " + indata.ToString()); // Por si hal algún error.
                        break;
                }

                while (true)
                {

                    contador += sp.Read(datosArray, contador, datosArray.Length - contador);

                    Console.SetCursorPosition(10, 6);
                    Console.Write("Datos recibidos:  {0}", contador + " Bytes.");
                    Console.WriteLine("                   ");

                    if ((contador == cantidadBytes) && (contador == 17729))
                    {
                        Mensaje1();
                        File.WriteAllBytes("fotón.jpg", datosArray); // Crear archivo en el disco duro.
                        Mensaje2();
                        Process.Start("fotón.jpg"); // Ejecutar visualizador de imágenes.
                        Mensaje3();
                        break; // Garantiza que el ciclo termine.
                    }

                    if ((contador == cantidadBytes) && (contador == 2065))
                    {
                        Mensaje1();
                        File.WriteAllBytes("fotón.png", datosArray); // Crear archivo en el disco duro.
                        Mensaje2();
                        Process.Start("fotón.png"); // Ejecutar visualizador de imágenes.
                        Mensaje3();
                        break; // Garantiza que el ciclo termine.
                    }
                }

                void Mensaje1()
                {
                    Console.WriteLine();
                    Console.WriteLine("Creando archivo al disco duro...");
                }

                void Mensaje2()
                {
                    Console.WriteLine();
                    Console.WriteLine("Archivo creado. Ejecutando imagen.");
                }

                void Mensaje3()
                {
                    Console.WriteLine();
                    Console.WriteLine("Imagen ejecutada.");
                    Console.WriteLine();
                    Console.WriteLine("Cabecera recibida: " + indata + "\n");
                    Console.ForegroundColor = ConsoleColor.Yellow; // Letras amarillas.
                    Console.WriteLine("FIN DE PROGRAMA.");
                    Console.ForegroundColor = ConsoleColor.Gray; // Letras grises otra vez.
                }
            }

            catch (FormatException)
            {
                // System.FormatException: 'La cadena de entrada no tiene el formato correcto.'
            }
        }
    }
}
En estos momentos estoy instalando la librería RxTx de 64 bits para  Windwos 10 de 64 bits que es el que uso actualmente. El código de C#  arriba fucniona de maravilla.

Esto de Java para adaptarme tardaré  una eternidad, al menos se que el Hola mundo es Console.WriteLine("Hola  mundo"); de C# es el equivalente a System.out.println("Hola mundo"); de  Java.

Cualquier ayuda es bienvenida.