Si puedes reparar la información que e interesa y luego dale formato en windows es una buena solución. Sino te quedas con Linux
Para hacer algo como lo que plantes necesitarias un respaldo, llamese disco duro de tal capacidad, muchos dvd, cientos de cd o un pendrive de la nasa
Hace poco me paso algo similar pero con uno de 250G, la primer opción que vi fue la de pasar todo a otro HDD y luego formatear, después de unos días me sucedió igual, lo extraño fue que lo unico que hice fue conectarlo a otro pc que tenia win XP y me abrio todo sin problemas y luego lo conecte en un win 7 y ya funcionaba todo excelente y hasta el día de hoy no ha fallado jejejejej no se si fue casualidad suerte, pero realmente no se como pudo suceder
edito: quise decirSi puedes respaldar la información que te interesa y luego dale formato en windows es una buena solución. Sino te quedas con LinuxOtra solución que puede servir es, hacerle una partición en linux con formato NTFS y luego pasar a info a esa partición, luego formateas la otra parte en windows