Buenas storm!Una de las opciones que podrías haber tomado es instalar las herramientas de Kali Linux en Ubuntu y así poder llevar el curso adelante, además que te ahorras espacio al no instalar más de 300 tools que contiene Kali.Para quitarme la duda, cuando booteaste Kali en USB... ¿De cuantos GB es el pendrive? si no contiene los requisitos adecuados puede darte error en la instalación, lo pregunto para descartar.Si tienes miedo de estropear algo recurre como una opción temporal a instalar Kali Linux en una máquina virtual y si tienes errores en ella, solo bastaría con eliminar la máquina y crear otra.Pero claro, vas a necesitar comprar una tarjeta de red externa para realizar auditorías de redes.Generalmente los errores de GRUB se deben a archivos importantes dañados del sistema, actualización del Kernel u aplicaciones, también como añades tú, problemas con otras particiones. Una de las muchas formas de reparar el GRUB es bajarte la ISO de Boot Repair, montarla en un USB y dejar que trabaje por su cuenta.Si deseas eliminar completamente Windows de tu ordenador e instalar Linux te recomiendo que vayas a un técnico si no se tiene los conocimientos necesarios, de lo contrario puedes empeorarlo más.