Hola para instalar programas con extensión .deb lo puedes hacer desde una terminal con el comando dpkg -i seguido de la ruta donde se encuentre el paquete, tienes que tener encuenta que tienes que ser root. Hay otra forma buscas el fichero (con Nautilus), haces un clic con el botón derecho del ratón y en el menú contextual que te aparece seleccionas la opción Abrir con->Install Package (dpkg) o algo parecido. Algunas veces te puede arrojar algún error y es debido a que faltan algunas dependencias que si te fijas te dice cuales son los que te faltan. Si te sientes más como con el centro de software vuelve otra vez a instalarlo, sí te molestas un poquito en leer te daras cuenta que la distro deriva de Debian. Te aconsejo que eches un ojo a este manual http://personal.us.es/rledesma/descargas/reference.es.pdf. Saludos