Esto es debido a el cluster que tengas en el disco duro, aunque el archivo pese 4 bytes siempre te tomara clusteres completos aunque no los complete.

Saludos.

Clúster (sistema de archivos)

Un clúster (o unidad de asignación según la terminología de Microsoft) es un conjunto contiguo de sectores que componen la unidad más pequeña de almacenamiento de un disco. Los archivos se almacenan en uno o varios clústeres, dependiendo de su tamaño de unidad de asignación. Sin embargo, si el archivo es más pequeño que el tamaño de un clúster, éste lo ocupa completo.

Tamaño de Unidad de Asignación
El tamaño de la unidad de asignación es la cantidad de fragmentos en que se divide un disco duro cuando se le da formato. Imaginemos un disco duro como un libro, y las unidades de asignación son las páginas. Por muy grande que sea un libro, la cantidad de páginas que puede tener es finita, aunque las páginas pueden ser más finas o más gruesas para abarcar párrafos de información (los puede utilizar varias unidades de asignación, pero si el archivo o el fragmento restante es menor que la unidad de asignación se desperdicia el espacio sobrante. Por ejemplo, si la unidad es de 4096 y el archivo es de 512, la pérdida es de 3584.

El tamaño de unidad de asignación de los clústeres así como el espacio de almacenamiento perdido debido a los archivos que ocupan menos que el tamaño del clúster depende del sistema de archivos que emplee el disco.

Estructura:
(A) pista
(B) sector geométrico
(C) sector de disco
(D) clúster.

fuente http://es.wikipedia.org/wiki/Cl%C3%BAster_%28sistema_de_archivos%29

Gracias! espero que sea esa la respuesta