mmmmm esa mi me la pones dificil, copie tu codigo y si borro algunas cosas...otras no porque se nesecitan permisos especiales, me imagino que has de tener una aplicacion alojada que ahi, y no puedas borrar el programa porque esta corriendo, vamos esat en uso,( es solo una teoria), la verdad no lo se muy bien.
en cuanto a tu codigo veamos..
@echo off
echo se van a borrar todos los temporales, pulse cualquier tecla para seguir
pause>nul
del /s /q "direcciondetemporales\Temp\*.*"
pause>nul
exit

1.-no es nesesario que pongas la comillas
2.- para evitar estar poniendo toda la direccion de un directorio mejor usas las variables de entorno, en este caso para la carpeta temp es: %temp%\*.*
3.-todo lo demas anda bien jeje, si quieres conocer mas variables de entorno en el cmd teclea "set" (sin comillas)

Muchas gracias, lo pruebo y les cuento ...
Edit:
mmm, ya intente de esas formas, pero no encuentro la forma de terminar los procesos que van a ser eliminados