En el archivo bat tenia puesto el comando attrib, solo tenia que sacarlo fuera de las carpetas para que se ejecutase desde ahí, attrib +R "carpeta una"attrib +R "carpeta una"\"carpeta dos"Utilizo un programa de instalación, donde hay que seleccionar la unidad donde se van a copiar todos los documentos, este programa crear las carpetas y subcarpetas y dentro de la primera carpeta copia el archivo bat, solo tenia que poner en la primera linea el codigo para sacarlo fuera:CD..Salu2.