Hola uberman, nunca me he mirado GoASM pero despues de leer algunos manuales creo que ya se cual es el problema.

Fijate en el ultimo bloque, concretamente en estas lineas:
Mov Bx, [var2]
Mov Cx, [var1]
Sub Cx, Bx
Add Bx, 30H
Mov [resultado], Bx

lo que aqui haces es poner el resultado de var1 - var2 en Cx y luego le sumas 0x30 a Bx, que en realidad es donde esta var2, asi que debe imprimir var2. cambia el orden de Sub por "Sub Bx, Cx", aunque esto lo que hace es var2 - var1, ya que la sintaxis de Sub es:
Sub A, B  =>  A = A - B  (corregidme si me equivoco) .

Si esto no resuelve tu duda postea la salida que te da el programa para que sea mas facil detectar el error.

Salu2